O Internato Rural nasceu em 1978, a partir do processo de mudança pelo qual passou a educação médica no País e, em especial, na Faculdade de Medicina da UFMG, com o objetivo de formar um médico "generalista, policlínico, capaz de prestar a assistência primária de saúde e exercer a medicina comunitária."
Estágio de caráter obrigatório, o Internato Rural propicia aos estudantes a vivência, de forma autônoma, da realidade sanitária nos municípios. A UFMG foi a primeira a instalar um programa desse tipo no Brasil.
A experiência começou com o estágio voluntário de um grupo de alunos na região do Vale do Jequitinhonha. Logo depois foi desenvolvido um embrião do Internato, nas Unidades de Saúde do Centro Regional de Diamantina, que naquele momento experimentava um modelo de medicina simplificada, buscando estar mais próximo das necessidades reais da população.
A implantação do projeto, na região polarizada por Montes Claros, foi fruto de um convênio entre Governo Brasileiro e a Usaid (United Stantes Agence for International Development), em 1974, que liberou recursos para a construção de uma rede de centros de saúde e para o treinamento de pessoal auxiliar.
A partir dos meados da década de 80, com o surgimento das AIS – Ações Integradas de Saúde e do SUS – Sistema Único de Saúde, o Internato reformula os seus objetivos. A proposta pedagógica passa a ser do "vivenciar a realidade" para o "transformar a realidade". Em 1996, foi criado o Internato na área da Bacia do Rio das Velhas, o que deu origem ao Projeto Manuelzão.

Ao completar 30 anos, em 2008, o programa, hoje chamado de Internato em Saúde Coletiva, continua reavaliando permanentemente seus objetivos e metodologia. Busca cada vez mais a atuação numa perspectiva multidisciplinar, incluindo não só a assistência, mas também o planejamento das ações de saúde.