O programa didático do Internato Rural se inicia pela exposição aos estudantes, em reunião geral, do objetivo básico, aspectos estruturais e funcionais da disciplina. São apresentados, dentro de uma visão panorâmica, os municípios conveniados com as Prefeituras e a Universidade Federal de Minas Gerais e que servem de campo de prática dos estudantes, e as características dos trabalhos e ou pesquisas que estão sendo desenvolvidos em cada um deles.

Os estudantes se agrupam em duplas e escolhem as cidades onde desejam estagiar. Quando há interesse de um maior número de duplas para uma mesma área, além do que ela comporta, a determinação das duplas que permanecerão na cidade se dá por sorteio.

No final do primeiro mês de estágio é realizada uma reunião regional. Reúnem-se professores, equipe de profissionais de saúde e os estudantes. A reunião visa trocar experiências entre os municípios.

Uma reunião geral ocorre ao final do estágio de três meses, onde se reúnem todos os alunos e professores, que avaliam o Internato, as equipes entregam o relatório e finalizam o estágio com uma prova teórica.